La 31 mai 1738 a fost un mare cutremur, în urma căruia cele două turle originale din cărămidă ale bisericii au fost dărâmate şi înlocuite cu altele, executate din lemn. În anii 1746-1747 are loc o restaurare a bisericii, prin danii realizându-se şi decorarea tâmplei de piatră cu pictură nouă, cu deosebire poleirea ei cu aur (174 taleri).

Sub regimul fanariot, călugării greci care jefuiesc averea mănăstirii printr-o proastă gospodărire, fac ca veniturile ei să se irosească cu timpul şi să nu mai poată fi îndeplinite scopurile umane şi filantropic creştine propuse şi lăsate moştenire de la Sfântul Antim. Astfel, risipa şi jaful grecilor duc întreaga avere şi clădirile la ruină, situaţie jalnică în care se găsea la anul 1797. atunci, la 22 martie, Alexandru Vodă Ipsilanti trece mănăstirea Antim ca metoc al Episcopiei Argeşului.

Prin strădania episcopului Iosif al Argeşului şi cu sprijinul mitropolitului Dosoftei, situaţia Mănăstirii Tuturor Sfinţilor începe să se îmbunătăţească treptat, refăcându-se turlele bisericii precum şi acoperişurile clădirilor (1812). Sub conducerea episcopului Ilarion al Argeşului, în 1820 au loc alte lucrări de restaurare.

Cunoscându-se de mult înainte, episcopul Ilarion şi Tudor Vladimirescu se întâlneau aici în clipe de taină şi de sfat. Cu drept cuvânt zice un cronicar (Aricescu) că Ilarion a fost capul răscoalei iar Tudor numai braţul. Căci aici, la mănăstirea Antim, şi-a redactat Tudor proclamaţiile către ţară, iar monahii şi seminariştii au cusut steagul revoluţiei purtând icoanele Sfintei Treimi şi ale Sfinţilor Mari Mucenici Gheorghe şi Teodor Tiron. în anul fierbinte 1821, mănăstirea a servit ca loc de refugiu pentru unele familii boiereşti ce rămăseseră în Bucureşti.

După anii 1850 însă, chiliile şi clopotniţa sunt într-o stare foarte avansată de degradare. Abia în 1860 este aprobată restaurarea mănăstirii. În 1863, sub grija episcopului Clement al Argeşului, sunt terminate lucrările de restaurare care au constat în:

Imediat după încheierea restaurării, biserica este deschisă slujbelor şi oamenilor în prezenţa domnitorului Alexandru Ioan Cuza, în vara anului 1863.

După inundaţia provocată de revărsarea Dâmboviţei, în februarie 1865, reparaţiile pardoselilor şi ale fundaţiilor clădirilor sunt terminate în 1867, în luna iunie. De atunci, vreme de 43 de ani, mănăstirea a rezistat în condiţii mulţumitoare, devenind însă doar biserică de mir, fără obşte monahală.

Între anii 1910-1912 are loc construcţia palatului Sfântului Sinod, plasat în prelungirea laturii de miazănoapte a chiliilor, care adăposteşte şi o bogată bibliotecă (în prezent peste 60.000 volume); au loc acum şi unele reparaţii ale clădirilor mănăstirii, mai ales la chilii (în 1908 şi 1912). În anul 1917, în timpul primului război mondial, în biserică au fost păstrate câteva luni moaştele Sfintei Muceniţe Filofteia de la Argeş (7 decembrie); din veacul trecut până astăzi sunt cinstite şi închinate în biserica mare moaştele Sfinţilor 40 de Mucenici (9 martie), ale Sfinţilor Mucenici Neofit (21 ianuarie), Acachie (19 mai) şi Paraschevi (26 iulie). Datorită importanţei tot mai scăzute ce i se acordă, biserica Antim ajunge să fie doar o filială a parohiei Albe Postăvari până în 1927, când este transformată în parohie independentă, acoperind câteva străzi din cartierul său.

În 1937, Nicolae Iorga, preşedinte al Comisiei Monumentelor Istorice, susţine o prelegere asupra ajutorării cu fonduri pentru „salvarea de la ruină a mănăstirii”. Între anii 1939-1946 sunt executate actualele turle din cărămidă aparentă, înlocuindu-le pe cele din 1863. Au loc şi alte reparaţii.

Între anii 1938-1940 la ctitoria mitropolitului Antim se desfăşoară cursurile Academiei de muzică bisericească. Războiul şi cutremurul din 1940 întrerup însă orice activitate didactică instituţionalizată. Vitregiile vremii impun însă o întărire duhovnicească, al cărui duh începe să pătrundă în inimile multor personalităţi ale culturii noastre româneşti. Aşa a luat naştere aici mişcarea „Rugul Aprins” axată pe spiritualitatea isihastă a rugăciunii lui Iisus, la finele anului 1945. Intelectuali, preoţi, călugări, studenţi, simpli credincioşi, participau la conferinţele şi dialogurile desfăşurate în sălile mari ale palatului sinodal, devenite neîncăpătoare. Temele abordau problema rugăciunii inimii, a raportului teologie-ştiinţă, a întâlnirii continue cu Hristos-Dumnezeu adevărat în cercetarea ştiinţifică a lumii, în arta sinceră, sau în comuniunea cu semenii. Evident, lucrarea duhovnicească din cadrul „Rugului Aprins” n-a fost pe placul autorităţilor comuniste care au oprit-o brusc în anul 1848, condamnând la ani grei de închisoare pe însufleţitorii ei: Părinţii Daniil (Sandu Tudor), Sofian Boghiu, Adrian Făgeţeanu, Roman Braga, Felix Dubneac, fraţii Vasile şi Haralambie Vasilache, ca şi pe alţi cunoscuţi intelectuali cum ar fi profesorul Alexandru Mironescu, poeţii Vasile Voiculescu şi Paul Sterian, compozitorul Paul Constantinescu.

Sub grija Prea Fericitului Părinte Patriarh Iustinian, între anii 1950-1951, are loc restaurarea paraclisului, consolidându-i-se turla din cărămidă; iar pictura a fost curăţită şi restaurată, lucrările fiind executate şi încheiate la 15 martie 1951 de către Dimitrie D. Nicolaide cu trei ucenici. Pictura în stil neobizantin din pridvorul şi de pe interiorul turlelor bisericii mari a fost realizată de pictorul Costin Petrescu, iar monumentalul mozaic de pe frontispiciul bisericii, ca şi pictura sălilor mari ale palatului sinodal, au fost executate de Olga Greceanu.

Din anul 1950, complexul Antim devine paraclis patriarhal şi reşedinţă episcopală, o soluţie fericită pentru a evita demolarea sa. Menţionăm că din 1958 a fost ataşat mănăstirii şi paraclisul Pompilian, unde se pregăteşte Sfântul şi Marele Mir.

Între anii 1964-1966 are loc ultima mare restaurare, integral, a complexului mănăstiresc (biserică, clopotniţă, paraclis, chilii, stăreţie) construindu-se şi o instalaţie de încălzire centrală. Tâmpla originală de piatră este adusă de la lapidarul din curtea bisericii Stavropoleos şi remontată, adăugându-i-se icoane împărăteşti şi patru praznicale din mozaic. Tâmpla din lemn a fost trimisă parohiei ortodoxe române din Londra.

În anii 1984-1986, sub presiunea statului comunist care urmărea construirea unui bulevard, chiliile din colţul nord-vestic sunt demolate, iar clădirea Sfântului Sinod este mutată cu aproape 20 metri spre vest. Are loc şi o renovare a bisericii mari afectată de cutremurul din 1977, în special a picturii.

Între anii 1988-1996 are loc o nouă restaurare; se construiesc noi chilii pe latura dinspre răsărit şi o grădină între cele două paraclise. Pictura paraclisului a fost restaurată de Părintele Sofian ajutat de doi ucenici. De sărbătoarea Sfântului Anti Ivireanul, la 27 septembrie 1996, are loc resfinţirea paraclisului şi deschiderea muzeului de carte veche, de icoane şi alte obiecte bisericeşti de către Prea Fericitul Părinte Teoctist, Patriarhul României şi Prea Fericitul Părinte Ilie al II-lea, Patriarhul Georgiei (Iviria de altă dată). Abia la anul 1997, obştea monahală creşte la 15 vieţuitori, stareţ fiind de patru decenii Părintele Arhimandrit Sofian Boghiu.